После «Долгой Осады» восстановление замка было направлено, в первую очередь, на реконструкцию крепостных укреплений и несколько меньше на ремонт жилых помещений, так как основную Эдинбургскую королевскую резиденцию с этого момента было решено переместить во Дворец Холируд Хаус.
Обороноспособность замка повысили за счёт расположения на его территории артиллерийских батарей. Орудия батареи полумесяца были расставлены в форме полукруга, что помогало держать под обстрелом довольно обширную территорию. Батарея полумесяца подкреплялась батареей Forewell, которая проходила до замковых ворот в Башне Аргайла.
Королева Елизавета умерла в 1603 году в безбрачие, и ввиду отсутствия собственных детей перед самой кончиной объявила наследником трона Якова VI. Новоиспечённый король Англии вместе с женой Анной Датской вскоре переехал в Лондон и после этого вернулся в Шотландию только один раз - в 1617 году. Ожидая визита короля, в замке провели генеральную подготовку. Многое из сохранившегося до сегодняшних дней, является результатом именно этой подготовки.
Преемник Якова VI король Карл I тоже посетил замок только один раз, накануне его коронации в 1633 году. Его посещение замка стало последним случаем, когда царственная особа ночевала в замке.